El volante colombiano disputó su noveno partido en Copas del Mundo y está a un encuentro de alcanzar el registro de Carlos Valderrama y Freddy Rincón como el segundo jugador con más presencias mundialistas en la historia de la selección Colombia.
La victoria de Colombia sobre Ghana por los dieciseisavos de final del Mundial de Estados Unidos, México y Canadá 2026 representó la cuarta ocasión en la que los cafeteros alcanzaron los octavos de final en siete participaciones mundialistas. El resultado fue 1-0 en Kansas City, con gol de Jhon Arias en el primer tiempo. Ghana no registró tiros a puerta durante los 90 minutos.
Durante la pausa de hidratación del segundo tiempo, Jhon Arias fue reemplazado por Juan Fernando Quintero. Con ese ingreso, el volante de River Plate sumó su noveno partido en Mundiales, quedando a uno de igualar la marca de Carlos «El Pibe» Valderrama y Freddy Rincón como el segundo colombiano con más apariciones en el torneo. Ambos jugaron en Italia 1990, Estados Unidos 1994 y Francia 1998, siendo titulares en todos los encuentros.
El debut mundialista de Quintero fue en Brasil 2014, cuando ingresó al minuto 53 ante Costa de Marfil en reemplazo de Víctor Ibarbo. A los 70 minutos anotó el 2-0 definitivo, su primer gol con la selección. Fue titular luego ante Japón, y Colombia llegó a cuartos de final, donde perdió 2-1 ante el anfitrión.
En Rusia 2018, Quintero abrió el marcador ante Japón con un tiro libre que empató 1-1 (partido que Colombia perdió 2-1). Ese gol fue elegido el segundo mejor del torneo. Ante Polonia y Senegal sumó dos asistencias, para Radamel Falcao García y Yerry Mina, que dieron a Colombia el primer puesto del Grupo H. La campaña terminó en octavos de final con derrota ante Inglaterra en penales tras empate 1-1.
En el Mundial 2026, Quintero no tuvo minutos ante Uzbekistán (victoria 3-1 el 18 de junio). Ingresó al minuto 58 ante República Democrática del Congo (victoria 1-0 el 23 de junio) y fue clave en la jugada del gol de Daniel Muñoz. Ante Portugal (0-0 el 27 de junio) entró al minuto 76. Frente a Ghana (3 de julio) ingresó al minuto 73 y remató al arco al minuto 84 sin éxito.